При частом использовании некоторого DOS-приложения в рамках Windows целесообразно выполнить "более глубокую" его интеграцию в оболочку. Процедура интеграции приложений в оболочку (см. гл.1) вы-полняется специальной утилитой Windows Setup (операция Set Up Appli-cations), принадлежащей группе Main. Приложения, ориентированные на работу в среде Windows, распознаются в процессе такой интеграции автоматически, отсутствует даже необходимость поиска "вручную" подходящей пиктограммы. Список интегрируемых таким образом продуктов (по состоянию на март 1992 года) приведен в следующем параграфе.

Если же утилита Windows Setup не распознает самостоятельно некоторое DOS-приложение, то все операции по его интегрированию (включая и выбор пиктограммы, посредством которой будет в дальнейшем вызываться данное приложение) пользователю придется выполнить "вручную" (директива New меню File Менеджера Программ). Процедура "ручной" интеграции используется довольно часто и не отличается сложностью. Если интегрированное приложение не работает должным образом, то приходится повторно прибегать к установке параметров — изменению PIF-файла, созданное) в момент интеграции.